就连那个污秽不堪的“此世纯粹之恶”安哥拉·曼纽，也按照少年的指示，将其只是瞪了一眼就随之封印了起来，奇怪的是，属于这个英灵的仿佛写本一般的宝具却被分离了出来，并在随后被突然从白泽体内飞出的《真理之扉》吞入——只不过，相比之下，这些都是无关正题的杂谈。

随着“此世纯粹之恶”被净化，纯净的愿力终于被释放了出来，被净化的由“冬之圣女”所具化而成的大圣杯终于降临，而伊莉雅也通过自身魔术礼装启动了“第三法·天之杯”的最后一环——在时隔三百年之久后，一直因为各种原因不得成行的“圣杯仪式”，终于在这一刻被真正的启动了，而代表者第三法的“天之杯”也在这一刻正式降临于此间！！

伊莉雅在将六名Servant的灵体献祭给了圣杯后，却奇迹般的因为灵魂上的重压消失而恢复了自身的意识，随着情感的回归，原本已经无欲无求的少女立即意识到自己还有某些更加重要事情未曾完成——要知道基本上已经处于咽气状态的卫宫士郎，此刻还躺在远处的岸边之上呢！

为了复活这个为她在人生的最后一段时间带来了温暖和关怀的“哥哥”，她强行中止了原本即将开启“根源之涡”的仪式，并随手将卫宫士郎的灵魂、被精心打造的那三条魔术回路、连带着体内的“遥远的理想乡”也一同提取了出来，因为之前已经将安哥拉·曼纽的身体当作预付的报酬分给了身边的“海带头”，因此她为了救回面前的“心上人”，就只能够奉献出自己的身体了——虽然这具专门为了启动第三法“天之杯”而制造的人造人之躯充满了各种生理缺陷，但是在真正的第三法前，这点原本因为技术受限而无法弥补的不足之处自然可以得到修复甚至是增强，因此完全不会留下任何后遗症。

虽然这其中存在着一个在过去无法解决的问题，那就是为了维持和运转第三法，伊莉雅必须保留自己体内占据七成左右的“第三法限定”魔术回路和魔导结构，但是这样一来构成卫宫士郎的“元件”就不够用了，不过好在她不仅能够废物利用卫宫那具残破的身体、这次圣杯战争中参战英灵的数量也实在是太多，即使是被大圣杯全数吞噬了，但是却也因为对那些被恶念所污染的部分“消化不良”的缘故残存了不少“残渣”，于是便被此刻已经半步迈入了“魔法使”境界的伊莉雅寻觅了过来，并在经过一番整合后、填补了各自空缺的部分。

完成了全部工序的伊莉雅，在确认卫宫士郎已经进入了灵魂融入身体时进行“自我调适”这一最终阶段、不会再有任何意外出现后，这才将注意力投注在身边的海带头上——但是，就在她想要吩咐少年将封印起来的反英灵交出来的时候，却发现根本并未开启的“根源之涡”之中，竟然突然游走出来了一条通体赤红的灵动小蛇！

而随着它的到来，通往“根源”的通道在此刻彻底敞开——就在一瞬间，白泽顿时两眼一黑并被“根源”抽吸而去，而大出意料之外的伊莉雅，也在那股超出了一切的伟力下满心惊恐懊恼的望了尚未苏醒的卫宫士郎一眼后，就随之瞬间被根源之涡吞入其中……

在这次圣杯战争之中打满了一次酱油的白泽，虽然就此离开了这个位面，但是其他几位主角的故事却并未结束。

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随着“根源之涡”的消失，大空洞也随之崩塌，好在有Rider带着远坂凛与间桐樱从地下逃离，否则这两个经历了连续大战而变得无比憔悴的少女，就要因为如此可悲的原因丧命于此了。

似乎是因为之前樱在黑化后成了圣杯的代行者的缘故，即使如今随着“根源之涡”的关闭，冬木市的大圣杯也不见了踪影，但是樱却依旧保留了Rider的令咒，而樱本身那堪称海量的魔力，虽然难以支撑Rider进行高强度的战斗，但是却也足以勉强维持其继续存在于这个世界之中——而樱则因为曾经黑化的经历，凭借黑泥将身体中的所有刻印虫之类的“杂物”都吸收一空，因此再也不需要担心受其控制和拖累的问题了。

至于身为男主角的卫宫士郎，却再也不见于人世，即使后来Rider持续到已经坍塌的大空洞打捞了一个月，都依旧没有发现任何对方的踪影，最终被在场的几人判定将其列入了“失踪人口”之中，并暗自认为其已经随着伊莉雅，一同去往了那个“根源之涡”的深处。

而两年之后的春天，留在卫宫家的樱、Rider，还有从伦敦时钟塔留学归来的凛三人相约一起，欣赏位于柳洞寺山下的樱花胜景……